La Cueva de las Motillas fué sin duda surgencia de las aguas del complejo. Posteriormente, el descenso del nivel de base propio de los sistemas kársticos hizo que surgieran por la Cueva del Agua y en la actualidad por los manantiales de los charcos hediondos llamados así por ser sulfurosos.
Por su privilegiada posición y cómodo acceso ha sido utilizada desde los tiempos más remotos por distintas culturas. Lamentablemente por dicha facilidad de acceso ha sido gravemente deteriorada por visitantes sin escrúpulos, llegando a peligrar incluso la importante colonia de murciélagos que habita la misma.
